Det finnes flere teorier om samefolkets opphav, hvor de er kommet fra og hvilke folkegrupper de eventuelt er i slekt med. Gamle samiske myter forteller om lange vandringer før samene endelig kom frem til det landet som de i dag kaller Sápmi eller Sámiid eanan. De eldste av disse mytene slutter med den tiden da samene begynte å tro på den sjamanistiske religionsformen, altså den samiske religionen som senere kristne misjonærer bekjempet. Mytene forteller om en todelt innvandring til Sameland, en fra nord og en fra sør.
De gamle samene var et fangst- og jegerfolk. Dette bekreftes bl.a. av arkeologiske utgravninger og av den eldste litterære kilde vi har til samenes historie, nemlig Tacitus' beskrivelse av fenni i hans verk Germania fra 98 e.Kr. Et av de eldste jordfunn som man tør gå ut fra er samisk, er gjort på Kjelmøya i Sør-Varanger. Det dreier seg tydeligvis om en sesongboplass for sjøfangsten, og det er funnet et rikt utvalg av fangstredskaper, nesten alle av ben. De eldste kulturlag går tilbake til tiden omkring Kristi fødsel. Det pågår i dag en diskusjon om når den etniske utskillelsen skjedde, altså på hvilket tidspunkt og på hvilken måte det eventuelt vil være mulig på basis av funn og utgravninger å si at dette viser en samisk bosetning i området.
Den gamle samiske samfunnsordningen var basert på et siida-system, der ulike jaktlag til sammen dannet grunnlaget for større fellesenheter, en «sameby» eller bygdeenhet. Disse siida'ene hadde et gjennomført demokratisk styresett, der bosetningen var basert på økologisk tilpasning og flytting etter resursene. De fleste siida'ene opererte med flere sesongboplasser, der man til enhver tid utnyttet de naturrikdommene som det var mest av på stedet. Antagelig var også siida-ordningen noe av årsaken til at man unngikk altfor mange konfrontasjoner mellom samer og nordmenn da koloniseringen satte inn for fullt. Samene trakk seg unna til en av de andre boplassene for å unngå strid, men fikk samtidig redusert sin aksjonsradius og sin tilgang på byttedyr.
Koloniseringen startet først ute ved kysten, men trakk seg gradvis innover i fjordene og opp langs elvene. Som en følge av koloniseringen tapte samene etter hvert sin autonomi. De ulike gruppene bodde så spredt og var så lite samlet at de aldri klarte å mobilisere noen større opposisjon mot tapet av land og vann. Den sterke utnyttingen av naturgrunnlaget som fulgte med økt skattlegging og kolonisering, førte også til at det gamle veidesamfunnet mer og mer måtte gi tapt og ble erstattet av en næringsmessig differensiering, som bl.a. gikk ut på en snevrere utnyttelse av færre nisjer. På denne bakgrunnen oppstod tamreindriften, feholdet, sjø- og elvefisket og utmarksnæringene. Man la altså mer vekt på å utnytte én nisje som hovednæringsvei fremfor å satse på et vekselbruk der man kombinerte alle mulighetene.
Allerede tidlig ble samene utsatt for både røvertokter og skattlegging fra de omkringboende folkene. En del samegrupper ble faktisk til tider skattlagt av tre forskjellige land: både Danmark-Norge, Sverige-Finland og Russland. Vi vet at bl.a. vikingene reiste nordover for å plyndre og røve, men i andre tilfeller også for å skaffe seg båter og rådføre seg med de samiske sjamanene. Samene ved kysten var nemlig kjent som dyktige båtbyggere allerede fra sagatiden, og samiske sjamaner, noaiddit, har nordmenn alltid hatt respekt for. Det eksisterer utallige historier om noaidenes bragder, både når det gjelder å bringe til veie informasjon om det som skjer andre steder enn der man selv befinner seg for øyeblikket, og om deres evner når det gjaldt å bruke trolldom. Sjamanen var en viktig institusjon i det gamle samiske samfunnet; han var den som tok vare på og formidlet videre myter og riter, og han kunne nok også skape nye ritualer.
Sameland er og har vært av sentral strategisk og politisk betydning, både på grunn av sin plassering, sine naturrikdommer og sine isfrie havner. Likevel har grensene i dette hjørnet av Europa holdt seg svært stabile. Riksgrensen mot Sverige gjennom de samiske områdene ble trukket opp i 1751, og grensen mot Russland ble bestemt i 1826. Ved grensetraktaten i 1751 ble reindriftssamene sikret visse særrettigheter i et tillegg til traktaten som fikk navnet Lappekodisillen. Dette dokumentet har gjennom tidene vært tolket som en viktig juridisk akseptasjon av samiske rettigheter, tilkjent samene som en egen folkegruppe. Lappekodisillen har fremdeles relevans i de pågående utredningene om samenes rettigheter til land og vann i de samiske områdene.
Fornorsking og misjonering i Norge
Allerede tidlig ble samene utsatt for misjonering fra de omkringliggende statene, men misjoneringsarbeidet skjøt fart først på 1700-tallet, da Thomas von Westen formaliserte misjons- og opplysningsarbeidet. Bakgrunnen for denne aktiviteten var pietismen som åndsretning, men også (sikkerhets)politiske motiver spilte en rolle. Misjoneringsarbeidet, sammen med læstadianismens fremvekst i de samiske menighetene fra omkring midten av 1800-tallet, førte til at den gamle samiske religionsformen etter hvert forsvant helt.
Fra midten av 1800-tallet ble det innledet en linje i kulturpolitikken overfor samene og kvenene med en stadig klarere fornorskingsprofil. Skolelovene fra slutten av 1800-tallet slo fast at all undervisning skulle foregå på norsk, og det ble nærmest utarbeidet et premieringssystem for de lærerne som klarte å fornorske mest. Denne politikken stod fast helt til etter den annen verdenskrig. Fornorskingspolitikken må sees på bakgrunn bl.a. av den økende nasjonalfølelsen i Norge i siste halvdel av 1800-tallet. Dessuten førte krisen i samisk næringsøkonomi i flere områder, bl.a. etter at driften i så vel jordbruk som fiske ble mer intensivert og dermed kapitalkrevende, til at samene falt utenfor systemet. Dette gav også grobunn for en nedvurdering av samekulturen. Masseinnvandringen av kvener til de nordlige områdene gav sikkert gode grunner for fornorskningspolitikkens sikkerhetspolitiske aspekter, mens sosialdarwinistiske vurderinger på det ideologiske planet gav legitimitet til en hierarkisk plassering av den norske kulturen på et høyere nivå enn den samiske.
Det eksisterte en viss samisk opposisjon mot denne politikken på begynnelsen av 1900-tallet; bl.a. fikk man på denne tiden en begynnende samisk organisering av skribentvirksomhet som prøvde å trekke frem samiske rettigheter som et eget folk innenfor nasjonalstaten Norges grenser. Isak Saba var 1906–12 en egen samisk stortingsrepresentant valgt etter samisk mobilisering, spesielt gjennom avisen Sagai Muittalægje, som skolemannen og forfatteren Anders Larsen stod bak. I det sørsamiske området arbeidet Elsa Laula (senere Laula Renberg) iherdig på begge sider av den norsk-svenske grensen med å organisere samene, og var leder for en av de første sameforeningene i Norden i 1904. Hun var også en av de mest sentrale personlighetene på det første samiske landsmøtet i Trondheim i 1917. Den gryende arbeiderbevegelsen slukte imidlertid hele den etnisk baserte mobiliseringen opp i det store fellesskapet og reduserte for så vidt på den måten hele samesaken til et spørsmål om sosial rettferdighet og likhet. Etter dette ble det ikke fart i den samiske organiseringen igjen før etter 1945.
Etterkrigstiden i Norge
I årene etter den annen verdenskrig vant det frem et mer reflektert syn på samenes rettigheter både som etnisk og språklig minoritet. Allmenne ideer om menneskeverd og kulturenes likestilling, bl.a. slått fast i FNs menneskerettighetserklæring fra 1948, nedfelte seg i konkrete vurderinger om samenes stilling i Norge, da Samordningsnemnda for skoleverket i 1948 foreslo at større hensyn til samenes egenart burde erstatte den ensidige nasjonaliseringsprosessen. Senere fikk man Komiteen til å utrede samespørsmål (1959), der grunnlaget for en bred prinsippdebatt om samenes fremtid i Norge ble lagt. Komiteen gikk i sitt grunnsyn inn for at samene skulle integreres i rikets sosiale og økonomiske struktur med sikte på å oppnå likeverd i fellesskapet. Videre gikk man inn for å konsolidere samiske bosetningsområder, og det ble foreslått visse administrative særordninger og kulturverntiltak for å motvirke assimilasjon og for å gjøre det mulig for samene å leve videre som bærere av en minoritetskultur innenfor det norske samfunnet.
Komiteens synspunkter fikk støtte under behandlingen i Stortinget 1963. De retningslinjene som Stortinget skisserte, resulterte i en rekke tiltak. Dette gjaldt så vel innen skoleverket som helse- og sosialsektoren, høyere utdanning, forskning og det frie kulturarbeidet. Perioden etter 1963 har vært karakterisert av et sterkere samisk engasjement gjennom frivillige organisasjoner og aktiv medvirkning i offentlige rådsorganer. De samiske organisasjonene er også blitt tilført nye ressurser gjennom ungdom som har tatt høyere utdanning og gått aktivt inn i både politisk og faglig virksomhet på linje med offentlige byråkrater og andre øvrighetspersoner.
Blant de viktigste begivenhetene de seneste tiårene må også nevnes Alta-saken, som bl.a. førte til en bevisstgjøring både blant samene og i den norske befolkningen for øvrig, og opprettelsen av Sametinget.